Kurt Prüfer pracował w Erfurcie jako inżynier w firmie J. A. Topf & Söhne, zajmującej się produkcją maszyn. W czasie II wojny światowej jego specjalnością stało się konstruowanie spalarni zwłok dla obozów koncentracyjnych. 

Już od 1920 r., jego praca polegała m.in. na projektowaniu pieców kremacyjnych. Zajmując się tym, przestrzegał restrykcyjnie religijnych nakazów – pod żadnym pozorem kremacji nie należało redukować do poziomu utylizacji odpadów. Budowa pieców do krematoriów była obiecującym kierunkiem rozwoju firmy z tradycjami, stanowiła jednak jej działalność dodatkową i generowała niewielką sprzedaż. Prüfer, członek NSDAP od 1933 r., nie był zadowolony ani ze swoich dochodów, ani z pozycji zawodowej. Kiedy w 1939 r. SS rozpoczęło budowę krematoriów w obozach koncentracyjnych, dostrzegł w tym szansę na wykazanie się jako specjalista i poprawę swojej sytuacji finansowej.

Piece, które skonstruował dla SS, odpowiadały pod względem technicznym spalarniom przeznaczonym dla martwego bydła. Tym samym zerwał z ideą szacunku dla zwłok, a przepisy dotyczące kremacji nie miały już dla niego żadnego znaczenia. Ciała zmarłych więźniów były spalane jak odpady.

W latach 1939-1940 piece firmy Topf & Söhne wykorzystywano w KL Buchenwald, a zamówienia spływały także z innych obozów. Kurt Prüfer z własnej inicjatywy konstruował coraz potężniejsze spalarnie, a jego celem było spopielenie jak największej liczby zwłok w jak najkrótszym czasie i usunięcie dowodów zbrodni.

W 1942 r. w Buchenwaldzie uruchomiono dwa nowe piece, każdy z trzema komorami spalania. Prüfer postrzegał to jako sukces, za który oczekiwał uznania finansowego. Do swoich przełożonych napisał: „Piece wykonują łącznie o 1/3 więcej pracy, niż planowałem. […] Z tego powodu proszę o jak najszybsze wypłacenie mi obiecanego wynagrodzenia”. Firma dostarczała również takie same piece do obozu koncentracyjnego i zagłady w Auschwitz-Birkenau, gdzie Prüfer nadzorował budowę komór gazowych i krematoriów.

Cechował go nieznający granic i skrupułów głód uznania: w 1943 r. przedłożył SS plany przyspieszenia procesu masowych mordów w komorach gazowych Birkenau.

Po zakończeniu wojny Kurt Prüfer kontynuował pracę w firmie Topf & Söhne. W marcu 1946 r. został wraz z kolegami aresztowany przez oficerów sowieckich za zbrodnie popełnione w Auschwitz. Dwa lata później skazano go w Moskwie na dwadzieścia pięć lat łagru, gdzie zmarł 24 października 1952 r.